マッカーサー元帥は5本のペンを取り出して交代で文章に調印し、コレヒドール島で自分に代わって指揮をとったウェンライト、シンガポールで降伏したパーシバル、ウェストポイント陸軍士官学校、アナポリス海軍兵学校にそれぞれ1本つずつ贈り、1本は妻のジェーンに残したという話は有名である。
なお、09:25の調印式終了とともにグラマンの編隊とB-29が祝賀飛行を行ったが、そのとき甲板ではカナダ代表が署名する欄を間違えたことによる4ヶ国代表の署名欄にずれが見つかり、正式文書として通用しないとして降伏文書の訂正がなされていた。
具体的には連合国用と日本用の2通の文書のうち、日本用文書にカナダ代表コスグレーブ大佐が署名する際、自国の署名欄ではなく1段飛ばしたフランス代表団の欄に署名した。しかし、次の代表であるフランスのルクレール大将はこれに気づかずオランダ代表の欄に署名、続くオランダのヘルフリッヒ大将は間違いには気づいたものの、マッカーサー元帥の指示に従い渋々ニュージーランド代表の欄に署名した。最後の署名となるニュージーランドのイシット少将もアメリカ側の指示に従い欄外に署名することとなり、結果的にカナダ代表の欄が空欄となった。
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その後、マッカーサー元帥の調印式終了宣言が行われ、各国代表は祝賀会の為に船室に移動したが、オランダ代表のヘルフリッヒ大将はその場に残り、日本側代表団の岡崎勝男に署名の間違いを指摘した。岡崎が困惑する中、アメリカ軍参謀長のサザーランドen:Richard K. Sutherland中将は日本側に降伏文書をこのまま受け入れるよう説得したが、不備な文書では枢密院の条約審議を通らないと重光葵がこれを拒否したため、岡崎はサザーランド中将に各国代表の署名し直しを求めた。しかし、各国代表はすでに祝賀会の最中だとしてサザーランド中将はこれを拒否。結局、サザーランド中将が間違った4カ国の署名欄を訂正することとなった。日本側代表団はこれを受け入れ、09:30に退艦した。
9月5日の午後、ハルゼー提督は旗艦をサウスダコタ (USS South Dakota, BB-57) に移し、翌日早朝ミズーリは東京湾を出航する。途中グアム島で乗客を乗せ、続いて随行艦なしでハワイの真珠湾に9月20日到着する。9月28日の午後にはニミッツ提督の提督旗を掲揚する。